本中心目前有10個子研究中心：
複合物半導體研究中心
Compound Semiconductor Research Center中心主任/ 張翼教授 （Prof. Edward Yi-Chang）
鴻海-陽明交大聯合研究中心
Foxconn-NYCU Joint Research Center中心主任/ 張翼教授 （Prof. Edward Yi-Chang）
工研院-陽明交大聯合研發中心
ITRI-NYCU Join Research Center中心主任/ 張翼教授 （Prof. Edward Yi-Chang）
人工智慧系統檢測中心
AI System Benchmarking and Tuning Lab中心主任/ 陳添福教授 （Prof. Tien-Fu Chen）
前瞻網路技術研發中心
Advanced Networking Research Center中心主任/ 林一平教授 （Prof. Jason Yi-Bing Lin）
矽導研發中心
Si-Soft Research Center中心主任/ 溫瓌岸教授 （Prof. Kuei-Ann Wen）
顯示科技聯合研究中心
NYCU Display Research Center中心主任/ 劉柏村教授 （Prof. P. T. Liu）
陽明交大-IBM 智慧物聯網巨量資料研發中心
NYCU-IBM iIoT＆Big Data Research Center中心主任/ 王蒞君教授 （Prof. Li-Chun Wang）
生醫電子轉譯研究研究中心
Biomedical Electronics Translational Research Center中心主任/ 柯明道教授 （Prof. Ming-Dou Ker）
環境科技及智慧系統研究中心
Environmental Technology & Smart System Research Center, ETSS中心主任/ 黃志彬教授 （Prof. Chih-Pin Huang）